创新体制机制是学习实践活动的重要目标，也是整改落实阶段的一个关键环节。参加第一批学习实践科学发展观活动的部门单位大都承担着管宏观、管政策、管方向的责任，更要按照贯彻落实科学发展观的要求，以改革创新的精神和攻坚克难的勇气，积极稳妥地推进体制机制创新，为推动科学发展、海西先行创造良好的政策制度环境。
明确体制机制创新的内容。各部门各单位要从促进科学发展、海西先行的需要出发，从实际需要和真正体现群众意愿出发，建立健全保障和促进科学发展的体制机制、推动科学发展的政策法规和符合科学发展要求的规章制度，努力解决制度缺失和体制障碍等突出问题，形成有利于科学发展、海西先行的正确导向。要对照科学发展观的要求，把应对国际金融危机与创新体制机制结合起来，从经济社会发展综合评价、科技创新、产业发展、城市规划、土地供给、环保约束、财税分配、民生保障、舆论引导、干部实绩考核等方面着手，加快建立充满活力、富有效率、更加开放、有利于科学发展的体制机制。
做好废、改、立工作。各部门各单位要在前一段学习调研和分析检查的基础上，对现有的各类政策规定、意见办法、规章制度进行系统清理，检查政策制度是否符合中央和省委精神、国家方针政策和法律法规，是否符合实际，是否有利于科学发展，是否衔接配套。在全面清理的基础上，本着“要精、要管用”的原则，该废止的及时废止，需要完善的及时修订完善，对当前急需、条件具备、可以出台的政策和制度要抓紧研究、尽快出台，力争在活动期间出台一些影响广泛、上下期盼的政策制度，取得一批制度成果。
注重政策性和科学性。要充分借鉴调查研究的成果，充分运用领导班子分析检查报告，充分听取各方面意见和建议，特别是要听取利益相关群体和工作对象、服务对象的意见和建议。对那些涉及面比较广、需要上下互动、协调一致、形成共识才能出台的政策制度，要深入调查调研，广泛征求意见，加强沟通协调，反复论证，慎重出台，确保制定的政策规定、意见办法、规章制度经得起实践和历史的检验，在推动科学发展、海西先行中发挥应有的作用。同时，要认真总结开展第一批学习实践活动的好做法、好经验，并把它提炼上升为制度规范，形成推动和保障科学发展、海西先行的长效机制，也为开展第二批学习实践活动提供有益经验。